Pasca terjadinya gerakan 30S/PKI, masa pimpinan Soekarno digantikan oleh Soeharto , pada masa pemerintahan Soeharto atau orde baru A.M. hanafi diminta untuk pulang ke Indonesia.
Namun ia menolak karena menganggap masa pemerintahan Soeharto tersebut tidak sah. Atas dasar tersebut akhirnya Soeharto mencabut paspor milik A.M. hanafi sehingga ia menjadi eksil atau tidak memiliki kewarganegaraan.
Walaupun demikian, A.M hanafi beruntung karena lantaran masih memimpin kuba , Fidel Castro tetap memperlakukan AM hanafi tetap sebagai duta besar.
Kala itu ia memutuskan diri untuk pindah ke Perancis, dimasa pemerintahan perancis banyak yang menampung para eksil dari Indonesia.
BACA JUGA:Ini Syarat Teuku Umar Agar Lamarannya Diterima Cut Nyak Dien
Disana hanafi membuka restoran Indonesia "jakarta-bali" namun sayangnya restoran yang ia bangun tidak bisa maju karena KBRI melarang orang Indonesia makan di restoran milik AM Hanafi dan di cap sebagai orang komunis.
Setelah cerita panjangnya , A.M hanafi meninggal dunia 2 maret 2004, di paris , Perancis.
Jenazahnya pun dibawa pulang ke Indonesia sesuai permintaan terakhirnya . Pada 10 maret 2004 jenazahnya tiba di Indonesia dan dimakamkan di TPU tanah kusir (dilansir dari berbagai sumber)