Selain itu, kebun raya bali juga memiliki koleksi khusus, seperti anggrek, kaktus, tumbuhan paku, tumbuhan air, tumbuhan obat, tumbuhan upacara adat, mawar serta begonia.
Bahkan khusus tumbuha begonia, kebun raya bali merupakan salah satu kebun raya yang memiliki koleksi begonia terbesar di dunia dengan lebih dari 200 jenis.
Hal inilah menjadikan kebun raya bali sebagai pusat koleksi dan pengembangan begonia di Indonesia.
Didalam kebun raya ini wisatawan juga akan mendapati herbarium Hortus botanicus baliense, taman mawar, taman anggrek, taman cyathea, rumah kaca kaktus, pura batu meringgit dan pura terate bang.
Bagi wisatawan yang ingin berjalan-jalan menyusuri kebun raya ini, pengelolah kebun raya bali telah membagi rute perjalanan menjadi beberapa jalur yakni jalur kuning, jalur ungu, jalur merah, jalur biru dan jalur burung.
- jalur kuning berawal dari candi bentar sebagai gerbang utama.
Setelah itu melewati jalan beraspal, jalan setapak, dan sesekali jalan Padang rumput.
Disepanjang jalur kuning akan ditemui pohon Cemara pandak yang menjadi inang bagi tumbuhan lain.
Rute jalur kuning ini melingkar sehingga perjalanan akan berakhir kembali di pintu utama.
- jalur ungu di kebun raya bali disediakan untuk para pecinta anggrek.
Karena disepanjang jalur ungu ini akan ditemui berbagai koleksi anggrek.
Anggrek di kebun raya bali tidak hanya berasal dari Indonesia, namun ada juga anggrek berasal dari amerika.
- jalur merah merupakan jalur yang melewati koleksi tanaman tradisional masyarakat Bali.
Koleksi tanaman tersebut terbagi dari beberapa jenis, tanaman obat, tanaman yang dapat dimakan, tanaman serat, tanaman yang dapat digunakan sebagai bahan bangunan dan tanaman untuk upacara adat.
Selain itu dijalur merah akan ditemui rumah tradisional bali yang unik.
- jalur biru adalah jalan batu yang mengelilingi tumbuhan paku.